区，对外称代清朝暂时“管理”，实际上是要和阿古柏共同肢解新疆。清朝这次表现了极大的勇气，派出佐宗棠大军前往新疆平定叛乱。经过数年战争，清军终于打垮了阿古柏侵略军，收复了除伊犁外新疆全部地区。清朝又派出代表和俄国商谈收回伊犁，经过艰苦谈判，签订了《伊犁条约》，沙俄总算放弃伊犁，但又从中国割去了阿尔泰山以西，额尔齐斯河上游4万多平方公里土地，其中包括了一个大淡水湖斋桑泊。《伊犁条约》后，沙俄又陆续和清朝签订了几个勘界议定书，又从中国割去了新疆霍尔果斯河以西3万多平方公里土地。1898年，俄国出兵强行占领了帕米尔高原上的萨雷阔勒岭以西2万多平方公里土地，从中国手中夺去了大部分帕米尔高原，造成了长达百年的帕米尔未定界问题。直到2001年，中国才同塔吉克斯坦签订了边界条约，收回了其中的近2000平方公里土地，其余的就永远脱离了中国版图。